本季故事内容承接上一季，卡拉经过和恋人痛苦分离后，独自度过痛不欲生的七个月，于这段期间开始靠四处打击犯罪来消遣悲伤情绪，甚至开始怀疑她是否要放弃人类身份，以永远接纳她的英雄使命。经过一场重大案件，卡拉才学会接受并找回自我，而蒙·艾尔后来突然现身于地球本让她感觉皆大欢喜，但后来才得知他曾经穿越到31世纪的未来并度过七年，甚至和另一名女子结婚。另一边，乔恩短暂参与火星反抗战争时，惊讶地得知他的父亲梅林·琼兹其实还活着。而艾莉丝原本迫不及待地筹办她和女友玛姬的婚礼，但后来却因为要小孩的事情不对盘，两人因此忍痛分手。而一位卡拉和艾莉丝的新朋友萨曼莎·艾莉亚斯，表面看似是普通单亲妈妈的她，其实是一位氪星不明派系所哺育出来活人武器“灭世者”之领袖“主宰”。
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