《黑侠III》剧情主要是在黑侠Ⅰ里，黑侠在女友及Sir的帮助下最终战胜了701部队，从而成为香港市民心中的英雄，同时也成为广大观众的偶像。 此次黑侠（樊少皇）又有了新任务，国际犯罪组织“赤神帮”的首领赤神（郑佩佩），因其拥有特异功能，在世界各地下犯下多宗罪案，而被FBI通缉，FBI历经辛苦，在黑侠的协助下，终将赤神拘捕。 罪犯天皇血鹰是赤神的同伙，血鹰带领赤神帮众杀入警署，救出赤神，同时劫持了女科学家琪及她的科研成果――疯牛病病毒和疫苗，一同逃往菲律宾。赤神准备将疯牛病病毒向全世界散播，消息一传出，立即引起全世界的震惊，FBI再次与黑侠联手打击赤神帮。赤神用尽各种手段、金钱、地 、以及血鹰的美色去勾引黑侠，想把黑侠这个最大的敌人拉入伙，结果……
传天明是电脑奇才，他的姑姐传安娜是他的私人秘书。每当”赤神帮“犯罪时传天明便会变成黑侠对付他们。一次行动中，”赤神帮“在监狱中救了首领赤神，更偷走了”依波拉“病毒。传天明和安娜为了追查此事而认识了少琪，她发现可对抗依波拉病毒的抗体，令赤神要把她捉到手上。原来赤神偷了病毒是有项重大的阴谋，黑侠为了阻止赤神而展开了这场激战……香港傅天明是电脑奇才，他的姑姐安娜是他的私人秘书。每当赤神帮犯罪时天明便会变成黑侠对付他们。 一次行动中，赤神帮在监狱中救了首领赤神，更偷走了依波拉病毒。天明和安娜为了追查此时而认识了少琪，她发现可对抗依波拉病毒的抗体，令赤神要把她捉到手上。原来赤神偷了病毒是有项重大的阴谋，黑侠为了阻止赤神而展开了这场激战。 [1]